Впадина представляет собой постоянно растущий провал в вечной мерзлоте длиной 1 км и глубиной до 100 м. Расположен в восточно-сибирской тайге в 10 км к юго-востоку от посёлка Батагай, в 5 км к северо-востоку от посёлка Эсэ-Хайя и примерно в 660 км к северо-северо-востоку от столицы республики Саха Якутска. Кратер назван по соседней речке Батагайке, правого притока реки Яны. Земля начала проседать из-за таяния вечной мерзлоты в 1960-х годах после вырубки окружающего леса. Наводнение также способствовало расширению кратера. Палеонтологи обнаружили в кратере окаменелости ледникового периода, погребённые в грязи по краю кратера. Края впадины крайне неустойчивые, что приводит к регулярным оползням из-за таяния вечной мерзлоты. Кратер в настоящее время увеличивается в размерах. Возраст подлежащей вечной мерзлоты оценивается в 650 тыс. лет.
Ниже кратера овраги ведут к реке Батагайке. По мере того, как всё больше материала на дне провала тает и становится более рыхлым, всё бо́льшая поверхность открывается для воздействия воздуха, что, в свою очередь, увеличивает скорость таяния вечной мерзлоты. Предполагается, что кратер может постепенно занять весь склон холма, на котором он расположен, прежде чем его рост замедлится.
Согласно исследованию 2016 года за десятилетний период размер кратера увеличивался в среднем на 10-15 м в год